Gotikinio stiliaus bažnyčia,po rekonstrucijos turinti baroko bruožų,pastatyta 1615m.Viduje bažnyčia trinavė, grakščių kolonų.Didingas didysis altorius  su senoviniu „Marijos į Dangų ėmimo“ paveikslu . Šoniniuose altoriuose – šv. Antano ir garsus šv. Roko paveikslas, žmonių laikomas stebuklingu. Jis labai gerbiamas, o šv. Roko atlaidai žinomi visoje Dzūkijoje.Iš XVI a. lubose yra išpiešta Lietuvos Vytis, Lenkų Erelis ir Pacų herbas – Dviguba lelija ir Marijos Loreto litanija.

Merkinės bažnyčią lankė ne tik LDK Vytautas, Lenkijos karalius Jogaila, bet ir dauguma Lietuvos ir Lenkijos valdovų -Aleksandras, Žigmantas I, Žigmantas Augustas, Steponas Batoras, Vladislovas Vaza , švedų karalius Karolis XII.