Pastatyta 1887 m., vietoje nugriautos Merkinės rotušės, pagal tipinį to meto projektą. 1968 m. neveikiančios cerkvės pastate buvo įkurtas Merkinės kraštotyros muziejus, kuriame eksponuojami Merkinės krašto archeologijos, etnografijos ir dzūkų buities eksponatai.