Merkinės istorijoje žydai minimi nuo XV amžiaus, tačiau tik nuo 1616 metų jie čia apsigyveno nuolat. Leidimą žydams gyventi Merkinės mieste, be kunigaikščio ir Seimo sutikimo, davė Merkinės seniūnas Jonas Vaina, už ką buvo Seimo ir karaliaus Vladislovo Vazos išbartas. Tačiau seniūnas karaliaus įsakų nepaklausė ir savo leidimo žydams gyventi Merkinėje neatšaukė.
Merkinėje stovėjo kelios sinagogos. Suprantama, žydų bendruomenė, gyvavusi Merkinėje daugiau kaip 300 metų, turėjo čia ir savo kapines, kurios yra vienos iš didžiausių Lietuvoje.Šalia civių žydų kapų, holokausto aukų kapavietė.